公務員の税金手続き｜源泉徴収・年末調整・確定申告の違い

公務員など社会人になったばかりの頃って、「源泉徴収」「年末調整」「確定申告」という言葉は聞くのに、結局どれが何で、自分は何をすればいいのかが見えにくいですよね。

しかも、職場から配られる書類は専門用語だらけで、「なんとなく資料を出して終わり」になりがちです。

この記事では、「源泉徴収」「年末調整」「確定申告」について初心者でも全体像がつかめるように整理しました。

自分が年末調整だけで済むのか、確定申告をした方が良いのかを判断できるよう、参考にしてください。

なお、本記事は一般的な情報提供を目的としており、最終的な判断は国税庁の案内および税務署・税理士にご確認ください。

まず結論：3つは役割が違う

毎月の給与や賞与からは、職場が所得税をあらかじめ差し引きます。

これが源泉徴収です。

そのうえで、職場が年末に一年分をまとめて計算し直して、払い過ぎや不足を精算します。

これが年末調整です。

ただし、年末調整の対象外になる控除や、給与以外の収入があるときは、自分で申告して、税額を最終確定させます。

これが確定申告です。

源泉徴収とは

源泉徴収は、職場が毎月の給与や賞与を支払うときに、所得税をいったん差し引く仕組みです。

この時点では、1年分の控除（保険料控除や扶養など）がまだ確定していないので、源泉徴収は「とりあえずの天引き（仮払い）」と考えると理解しやすくなります。

年に一度交付される源泉徴収票には、1年間の給与の合計や控除の状況、すでに天引きされた所得税額などがまとまって載ります。

年末調整とは

年末調整は、職場が1年分の所得と控除をまとめて計算し直し、源泉徴収で生じた「払い過ぎ・不足」を精算する手続きです。

生命保険や地震保険、iDeCo、住宅ローンなどの証明書を期限までに提出すれば、控除が反映され、払い過ぎていた税金が戻る（または不足分が調整される）ことがあります。

本人がやることは基本的にシンプルで、「必要な書類をそろえて、職場に提出する」こと。

これらがないと、職場（年末調整）や税務署側が「控除していい支払いか」を確認できません。

年末調整でよく提出する控除（定番）

• 生命保険料控除（一般／介護医療／個人年金）
• 地震保険料控除
• iDeCo（小規模企業共済等掛金控除）の払込証明書
• 住宅ローン控除（2年目以降。初年度は原則として確定申告）
• 扶養控除の異動（配偶者・子・親など）

年末調整で起きがちなミス（あとから取り戻せます）

• 控除証明書の出し忘れ、提出期限に間に合わない
• 契約者名義が自分はでなく、控除が使えない
• iDeCoの申請が遅く、年末に証明書が提出できなかった

こうした「出し忘れ」は、確定申告（還付申告）で取り戻せる場合があります。

還付申告は原則として5年以内に提出できます。

確定申告とは

確定申告は、年末調整だけでは処理しきれない控除や、給与以外の所得を自分で申告して、税額を最終的に確定させる手続きです。

必須ではない年もありますが、申告することで税金が還付されるケースも少なくありません。

公務員が確定申告をするケース（代表例）

• ふるさと納税で、ワンストップ特例を使わないとき
• 世帯の医療費が一定額を超え、医療費控除の対象になったとき
• 年末調整で出し忘れた控除を、還付で取り戻したいとき（iDeCo・保険料・扶養など）
• 住宅ローン控除の初年度
• 給与以外の所得があるとき（講演料・原稿料など、投資の利益など。口座区分によって申告が必要な場合があります）

三つの関係のまとめ（いつ・誰がやる？）

税金の手続きは、時期で見ると次の流れです。

毎月の給与　：源泉徴収（職場が概算で天引き）
　　　　　　↓
年末（12月）：年末調整（職場が一年分を再計算・控除反映・還付）
　　　　　　↓
翌年2〜3月　：確定申告（自分で年末調整外の控除・所得を最終確定）

つまり、源泉徴収と年末調整が職場が担当し、確定申告だけは自分で行います。

実施のタイミングも「毎月 → 年末 → 翌年2〜3月」と覚えておけば、書類を出す時期で迷いにくくなります。

iDeCo・NISA・ふるさと納税はどこで関係する？

ふるさと納税は寄附金控除です。ワンストップ特例を使える条件を満たせば確定申告は不要ですが、条件外の場合や、その年に確定申告をする場合は、確定申告で申請します。

NISAは非課税枠の制度なので、利益や配当に税金がかからず、基本的に申告は不要です（損益通算の対象にもなりません）。

iDeCoは掛金が所得控除になり、年末調整で反映できます。もし提出しそびれても、確定申告で取り戻せます。

👉iDeCoについて詳しく知りたい方は、こちらの記事をチェックしてください。

まとめ

源泉徴収・年末調整・確定申告は、どれも「税金の手続き」ですが、役割と担当が違います。

毎月の給与でいったん引かれ（源泉徴収）
年末に職場が1年分を整えて精算し（年末調整）
それでも足りない分だけを自分で申告して確定させる（確定申告）

この流れが頭に入るだけで、書類や用語に振り回されにくくなります。

あとは毎年、控除証明書を期限までに出すことと、「確定申告が必要か・したほうが得か」をチェックすること

若いうちにここを押さえておくことで、税金の取りこぼしが減り、手取りと資産形成の力になるはずです。